А причем здесь Вы и ФСС? А точнее Вас отношения Вашего работодателя с ФСС вообще касаться не должны, в основном так поступают не порядочные работодатели, вместо своей обязанности назначить и выплатить женщине пособие по беременности и родам в 10-дневный срок, они начинают "динамить" женщину, говоря о том, что сейчас нам ФСС возместит деньги, а потом мы Вам выплатим (или у Вас плачевное состояние у организации и она не имеет средств на выплату пособий?), подстраховывая себя от риска непринятия ФСС к зачету расходов работодателя на выплату страхового обеспечения.
Так что Ваши права нарушает Ваш же работодатель, в своих корыстных интересах. Можно обратиться с жалобой в ФСС и Госинспекцию по труду.
Если говорить о Порядке выдачи листков нетрудоспособности, утвержденном Приказом Министерства здравоохранения и социального развития РФ от 29.07.2011 № 624н, то в п. 46 действительно написано, что листок нетрудоспособности по беременности и родам выдается врачом акушером-гинекологом, при его отсутсвии врачом общей практики (семейным врачом), а при отсутсвии врача-фельдшером, про указание должности тоже есть (п. 60).
Звонить и писать лучше в ФСС Екатеринбургский (это можно также сделать через сайт
http://r66.fss.ru раздел "задать вопрос") т.к. там работодатель стоит на учете в качестве страхователя, и в случае жалобы разбираться по Вашему вопросу будут они.